Όμως, από το 1639 άρχισαν να παρουσιάζονται δυσκολίες στη ζωή του Ρέμπραντ (χρέη, διαδοχικοί θάνατοι αγαπημένων του προσώπων), που επηρέασαν το χαρακτήρα του και την καλλιτεχνική του έκφραση. Όταν πέθανε η πρώτη του γυναίκα, το 1642, άρχισαν και οι πρώτες οικονομικές δυσκολίες, παρά τα χρήματα που κληρονόμησε. Χρεώθηκε και μόνο με την βοήθεια του γιού του Τίτους και της πιστής του ερωμένης, σώθηκε από την απόλυτη καταστροφή. Αλλά οι δύο πιστοί του σύντροφοι, πέθαναν πριν από αυτόν. Τα έργα του δεν άρεσαν πια και οι παραγγελίες ελαττώνονταν. Φτωχός και απομονωμένος, συνέχισε ωστόσο να δημιουργεί. Ο Ρέμπραντ ξεψύχησε, το 1669, άφησε μόνο μερικά παλιά ρούχα και τα σύνεργα της τέχνης του.
Οι πίνακες και τα χαρακτικά της τελευταίας περιόδου της καλλιτεχνικής του πορείας διακρίνονται για το μυστικιστικό θρησκευτικό τους συναίσθημα. Είναι κράμα αυστηρής καλβινιστικής ηθικολογίας και μυστικιστικών τάσεων, προς τις οποίες τον είχαν κατευθύνει οι σχέσεις του με τους καθολικούς και κυρίως, με τους εβραϊκούς κύκλους του Άμστερνταμ.
Ουσιαστικά η ζωγραφική του έχει μοναδικό θέμα, τον άνθρωπο. Προσπάθησε να δώσει την προβληματικότητα, το βάθος του, την μοναξιά του, και τον εσωτερικό του διχασμό. Τον ενδιέφερε η έκφραση του ανθρώπινου στοιχείου και τα καθαρά ζωγραφικά στοιχεία, όπως η απόδοση της λάμψης, των μετάλλων και των υφασμάτων.

Ιδιαίτερο χαρακτηριστικό του έργου του αποτελούν οι έντονες φωτοσκιάσεις, που δίνουν δραματικό τόνο στις συνθέσεις και συνδέουν τις μορφές στενά με το χώρο. Το έργο του μπορεί να θεωρηθεί σαν μια ομολογία πίστης στον άνθρωπο και την μοίρα του, την αδυναμία του, στοιχεία που αποτελούν την τραγικότητά του. Το φως έγινε το μέσο εκφράσεως των συναισθημάτων του για τον κόσμο και το στοιχείο που μετουσίωνε την πραγματικότητα σε οπτασία προμηνύοντας τον ρομαντισμό.

Ο πίνακας «Τοπίο με θύελλα», (1638), ανήκει σε μια σειρά φανταστικών τοπίων, στα οποία οι έντονες αντιθέσεις σκιάς και φωτός προσδίδουν μεγάλη δραματικότητα.

Στο έργο του «Αυτοπροσωπογραφία» (Λάδι πάνω σε ξύλο), (1655-1658), βλέπουμε τον ζωγράφο σε προχωρημένη ηλικία. Το πρόσωπό του δεν ήταν ωραίο, όμως ο Ρέμπραντ δεν θέλησε να κρύψει την ασχήμια του. Μελετούσε το πρόσωπό του στον καθρέπτη με απόλυτη ειλικρίνεια. Βλέπουμε το πρόσωπο ενός πραγματικού ανθρώπου. Την οξεία και σταθερή ματιά του. Εξετάζει με προσοχή τα δικά του χαρακτηριστικά και δεν υπάρχει ίχνος πόζας και ματαιοδοξίας.

Στην προσωπογραφία του προστάτη φίλου του «Γιάν Σίξ» (Λάδι πάνω σε μουσαμά), (1654), δημιούργησε με δεξιοτεχνία τη γυαλάδα του χρυσού κορδονιού και έπαιξε με το φως πάνω στην τραχηλιά. Το χέρι μέσα στο γάντι το άφησε απλά σκιτσαρισμένο.

Σαν πιστός διαμαρτυρόμενος που ήταν, ο Ρέμπραντ, είχε διαβάσει την γραφή πολλές φορές. Ο Ρέμπραντ εικονογραφεί την «Παραβολή του άσπλαχνου δούλου» (Πενάκι από καλάμι και καστανό μελάνι, πάνω σε χαρτί), (1655), και προσπαθεί να περιγράψει το επεισόδιο όπως ακριβώς θα συνέβη. Βλέπουμε τον κύριο και τον επιστάτη την ημέρα της πληρωμής των χρεών. Ο δούλος με τον τρόπο με τον οποίο στέκεται, με το κεφάλι σκυμμένο και τα χέρια στις τσέπες, μας δίνει να καταλάβουμε πως δεν έχει να πληρώσει. Βλέπουμε, λοιπόν, πως με μερικές γραμμές διαγράφεται η σχέση των τριών αυτών ανθρώπων.
Ένα άλλο έργο που παριστάνει επεισόδιο από την Παλαιά Διαθήκη είναι «Η συμφιλίωση του Δαβίδ και του Αβεσαλώμ» (Λάδι πάνω σε ξύλο), (1642). Τον Δαβίδ τον έντυσε σαν Ινδό ή Τούρκο με ένα σαρίκι και τον Αβεσαλώμ να έχει ένα κυρτό σπαθί. Τους φανταζόταν σαν Ανατολίτες, όπως αυτούς που έβλεπε στο λιμάνι του Άμστερνταμ, γι'αυτό τους έντυσε έτσι. Στα έργα του, το χρώμα που επικρατεί είναι το βαθύ καφετί. Με τους σκούρους τόνους δημιουργεί μεγάλη αντίθεση με τα λίγα φωτεινά του χρώματα. Βλέπουμε ένα παιχνίδισμα με το φως, πάνω στα υφάσματα και στα χρυσά κοσμήματα. Προβάλετε, λοιπόν, με τις αντιθέσεις φωτός - σκιάς, η δραματικότητα της σκηνής.

Για να δουλεύει πιο γρήγορα και πιο ελεύθερα τα έργα του τα χαρακτικά, χρησιμοποίησε τη τεχνική της οξυγραφίας. Η μέθοδος είναι πως, αντί να χαράξει την επιφάνεια του χαλκού με καλέμι, την καλύπτει με κερί και σχεδιάζει στο κερί με μια βελόνα. Το κερί αφαιρείται, από όπου περάσει η βελόνα και μένει γυμνή η χάλκινη πλάκα. Τέλος βυθίζει την πλάκα σε οξύ που διαβρώνει τον χαλκό όπου δεν υπάρχει κερί και να μεταφέρει το σχέδιο στη χάλκινη πλάκα και να τυπωθεί. Η διαφορά οξυγραφίας, χαλκογραφίας είναι ο χαρακτήρας των γραμμών.

Ένα από τα έργα του που είναι με την τεχνική της οξυγραφίας είναι, «Ο Χριστός διδάσκει», (1652). Οι φτωχοί είναι γύρω από τον Χριστό όπου διδάσκει, συνεπαρμένοι από τα λόγια του, σκεφτικοί. Ο Ρέμπραντ είχε μελετήσει τα ρούχα των Εβραίων, γιατί, είχε ζήσει στην εβραϊκή γειτονιά του Άμστερνταμ. Βλέπουμε πως δεν τον ενδιαφέρει η ομορφιά και πως δεν αποφεύγει την ασχήμια. Τον ενδιαφέρει, τα έργα του να είναι αληθινά και ειλικρινή, δείχνει την πείνα, την φτώχεια, την δυστυχία, τα οποία δεν είναι στοιχεία ομορφιάς. Η διάταξη που χρησιμοποιεί ο Ρέμπραντ, στην ομάδα των ανθρώπων, γύρω από τον Χριστό, είναι κυκλική, κρατώντας μια απόσταση από τον Χριστό, σαν ένδειξη σεβασμού προς αυτόν. Βλέπουμε πόσο αρμονική είναι η διάταξη, και τις επιρροές του καλλιτέχνη, από την παράδοση της ιταλικής τέχνης.
Η καλλιτεχνική του φήμη διατηρήθηκε σε υψηλά επίπεδα, ακόμα και όταν δεν αναγνωρίστηκε από την υπόλοιπη Ευρώπη και οι προσωπογραφίες του δεν ήταν περιζήτητες.